Avtotransformatorji se od običajnih transformatorjev razlikujejo predvsem po načinu delovanja, strukturi navitja in predvideni uporabi.
1. način delovanja: V običajnem transformatorju se napetost bodisi poveča (visokonapetostni transformator) bodisi zmanjša (nizkonapetostni transformator), medtem ko se tok prilagaja v obratnem sorazmerju. Avtotransformator pa je poseben transformator, ki ima samo eno navitje. To pomeni, da se napetost ne spreminja, temveč se prilagaja le tok.
2. struktura navitij: Običajni transformator je sestavljen iz dveh navitij, primarnega in sekundarnega navitja, ki sta med seboj magnetno povezana. Ta navitja so med seboj električno izolirana. V avtotransformatorju pa je le eno samo navitje, ki je na sredini razdeljeno. S tem se tokokrog prekine in pretok toka se lahko zmanjša.
3. Predvidena uporaba: Avtotransformatorji se uporabljajo predvsem v aplikacijah, kjer je treba prilagoditi tok, ne da bi spremenili napetost. Pogost primer je tehnologija razsvetljave, pri kateri je treba ohraniti konstantno napetost, medtem ko se tok toka zmanjša zaradi varčevanja z energijo. Avtotransformatorji se uporabljajo tudi v nekaterih električnih motorjih in elektronskih napravah za nadzor pretoka toka.
Če povzamemo, imajo avtotransformatorji v primerjavi z običajnimi transformatorji le eno navitje in uravnavajo tok toka, medtem ko ohranjajo konstantno napetost. Uporabljajo se predvsem v aplikacijah, kjer je zaradi varčevanja z energijo potrebno zmanjšanje toka brez spreminjanja napetosti.